อาหารสามารถปนเปื้อนได้ทุกจุดตั้งแต่ฟาร์มหรือการประมงไปจนถึงบนโต๊ะอาหาร ปัญหาอาจเริ่มต้นระหว่างการปลูก อาหารเป็นพิษ การเก็บเกี่ยวหรือการจับ การแปรรูป การจัดเก็บ การขนส่ง หรือการเตรียมการล้างมือไม่ดี อุจจาระที่ค้างอยู่ในมือหลังจากใช้ห้องน้ำสามารถปนเปื้อนอาหารได้ สารปนเปื้อนอื่น ๆ สามารถถ่ายโอนจากมือระหว่างการเตรียมอาหารหรือเสิร์ฟอาหาร