คู่เบสยังสามารถมีคุณสมบัติการควบคุมที่หลากหลายหากอยู่ในintrons , intergenic region หรือแม้แต่ภายในลำดับการเข้ารหัสของยีน ด้วยเหตุผลทางประวัติศาสตร์บางประการ กลุ่มเหล่านี้ทั้งหมดมักถูกแทนที่ด้วยการกลายพันธุ์ที่มีความหมายเหมือนกันภายใต้ป้ายกำกับการกลายพันธุ์ "เงียบ" การ กลายพันธุ์ แบบเงียบดังกล่าวสามารถเป็นอะไรก็ได้ตั้งแต่แบบเงียบจริงๆ ไปจนถึงแบบสำคัญพิเศษ ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับหน้าที่การทำงานของพวกมัน การกลายพันธุ์แบบเงียบหมายความว่าลำดับการทำงานคงที่โดยการทำให้ การเลือก บริสุทธิ์. นี่เป็นคำอธิบายที่เป็นไปได้มากที่สุดสำหรับการมีอยู่ขององค์ประกอบที่ไม่มีการเข้ารหัสที่อนุรักษ์ไว้เป็นพิเศษซึ่งคงอยู่ได้นานกว่า 100 ล้านปีโดยไม่มีการเปลี่ยนแปลงอย่างมีนัยสำคัญ ซึ่งพบได้จากการเปรียบเทียบจีโนมของสัตว์มีกระดูกสันหลังหลายชนิด